Hayato Hayasugi, el hijo amante de los trenes de un conservador de un museo de trenes, se topa accidentalmente con el laboratorio de investigación secreto de su padre un día. En el interior encuentra el tren bala E5. Tan pronto como entra, escucha un anuncio de que un enemigo misterioso, el Bachigami, está atacando la ciudad de New Saitama. Afortunadamente, con el toque de la tarjeta Shinca de su padre, el tren bala en el que se encuentra se transforma en un poderoso robot: el Shinkalion E5 Hayabusa. Hayato y otros niños servirán como conductores para pilotar el Shinkalion. Los niños deben trabajar junto con los adultos del "Shinkansen Ultra Evolution Institute" (SUEI) para derrotar a un monstruo que parece un tren bala negro azabache.