'Allegiance' se centra en la figura de Alex O?Connor (Gavin Stenhouse), un joven idealista y agente de la CIA especializado en matería rusa. Aunque su vida parece seguir su cauce habitual, todo cambiará cuando conozca un secreto que cambiará la idealizada imagen que tenía de su familia. Sus padres, Mark (Scott Cohen) y Katya (Hope Davis), son espías rusos encubiertos en EE.UU que fueron desactivados hace décadas. No obstante, una operación terrorista contra los Estados Unidos los devolverá de nuevo a sus puestos y a la realidad.